Ergenekon Davası’nda örgütün en TSK içindeki en üst düzey yöneticisi olmakla suçlanarak müebbet hapsi istenen ve 26 ay hapis yatan 26’ncı Genelkurmay Başkanı Org. İlker Başbuğ daha sonra beraat etmişti. Başbuğ, Cumhuriyet Gazetesi’ne 4 Ocak’ta verdiği röportajda “Eğer Menderes, 25 Mayıs 1960 günü Eskişehir’de erken seçim tarihini açıklasaydı, 27 Mayıs askeri darbesi büyük bir olasılıkla önlenebilirdi. Çünkü erken seçim kararı alınmış bir hükümete karşı bir askeri darbenin gerçekleştirilmesi açıkça milletin siyasi idaresine de vurulacak bir darbe olurdu” demişti. Başbuğ’un bu cümlesi üzerine soruşturma başlatıldı. “Halkı kin ve düşmanlığa tahrik etme” suçundan bir yıldan 3 yıla kadar hapsi istendi. İddianamede Ak Parti il ve ilçe başkanları ile kadın kolları dahil 166 kişi müşteki sıfatıyla yer aldı.